События Assasin's Creed Brotherhood розварачиваються непосредствено после финала Assasin's Creed 2. Учёные продалжают сканирывать генетическую память Дезмонда Майлза, изучая дальнейшую историю жизни его предка Эцио Аудиторе Флорентийского. В новой игре знакомый поклонникам "Юноша" предстаёт взрослым мужчиной около 45 лет и являеться одним из лидеров и наставником ордена Асасинов. Вместе со своими соратниками он отправляеться в Рим - в горол, который находиться под безраздельным влиянием испанского дворянского рода Борджиа. Против этого клана его коррупирываных приспешников и членов ордена Тамплиеров Эцио предстоит вести войну...